本院初创时,是以私有形式由四位志同道合的民间著名医生,于1956年联合成立。维吾尔医合作医院,原址位于于田县木板桥边阿吾拉拜格的店内,此医院经历分散和重建等曲折过程。到1980年,经相关部门的支持及自筹资金修建了建筑面积585平方米的两层维吾尔民族医院,使医院条件的到了极大改善。
1984年,原来的集体所有制维吾尔医院,在县委、县人民政府的关心与支持下,体制改为股级维吾尔民族医院。自2002年起,我院设立了门诊、住院部、制剂室,从而彻底改变了以往只看病给药的历史,具备了住院治疗的条件。
2005年,我院被确定为副科级事业单位,隶属县人民政府卫生局管理。新建医院地址位于县城健康路,占地总面积10.30亩,业务楼总建筑面积5480平方米。2014年3月被国家中医药管理局命名为二级甲等民族医医院,同年10月被地县编委确定为正科级事业单位。
医院实有各类工作人员120余人。其中:卫技人员 余人,高、中级专业技术人员 人。核定编制床位120张,开放床位258张。开设门诊、内科、骨科、妇科、中医民族医康复科、药供科、检验科、放射科、功能科等业务科室。