1、行政办公室: 协助局领导对各股、办(站、厂)进行综合协调,组织机关日常工作,承办文秘档案、政务信息、会议组织、宣传,负责机关内部规章制度建设,单位年终总结及干部职工年度考核。
2、水管股:负责全县农田灌溉工作,拟定供水水量分配计划,做好灌溉统计工作;指导基层水管部门的业务工作;负责全县供水到户工作,监督农村基层部门的水务公开工作;负责督促基层水管部门征收水费工作。
3、防洪抗旱指挥部办公室:承担县防汛抗旱指挥部的日常工作,组织、协调、监督、指导全县防洪工作;组织指导全县洪水灾害防御,编制各种防洪预案,发布全县汛情、旱情和洪涝灾情;对全县河道、水库等重要水利工程实施防汛抗旱调度。 4、水政监察大队:宣传和贯彻执行国家法律、法规、政策;研究拟定与水行政法律、法规、规章以及水利政策相配套的地方规范性文件;查处水事违法行为,调解和处罚本地区重大水事纠纷;负责水利水保执法监督工作;组织实施河道采砂许可制度、取水许可制度;对河道占用进行监督,征收河道采砂管理费。
5、项目工程办公室:负责全县各种水利工程项目的申报;组织指导水利工程灌区的管理、更新改造和续建配套工作;组织协调农田水利基本建设,指导全县城区防洪排涝工程的建设;组织做好水利水电工程建设和管理以及技术改造项目施工质量监督与验收;负责水利工程计划概算审查、监督工程发包和招标、投标工作。
6、农村饮水安全办公室:加强供水工程的管理,保护供水设施,并向农民宣传《新疆维吾尔自治区农村饮水工程管理办法》;负责全县农村供水和改水的监督管理和业务指导工作;负责全县供水管道的安装;检测农村自来水水质。